当事人如果对公证书存有异议，要求公证处撤销公证书，不能向司法行政机关提出请求，因为《公证法》第六条规定，公证机构“依法独立行使公证职能”，司法行政机关虽然对公证机构负有监督的职责，但其并无撤销、变更公证书的权利。当事人如果对公证书存有异议，要求撤销公证书，按照以下程序进行：（1）按照《公证程序规则》第六十一条的规定，向公证机构提出复查；（2）对公证机构作出的撤销或者不予撤销公证书的决定有异议的，依据《公证程序规则》第六十七条的规定向地方公证协会提出投诉；（3）对地方公证协会的投诉处理意见仍然有异议的，可以依据《公证法》第四十三条的规定，向人民法院提起诉讼，要求公证机构承担损害赔偿责任。